Растения  поражаются как в период вегетации, так и во время хранения. При заражении в поле у молодых растений листья желтеют, начиная с верхней части, и отмирают. Растения быстро вянут и гибнут.

Вирусное заболевание, поражающее листья и соцветия. На листьях болезнь проявляется в виде мелких, более или менее удлиненных крапинок или широких светло-зеленых или кремовых полос. Иногда листья становятся гофрированными, отстают в росте и полегают.

Ржавчина на листьях лука проявляется в виде светло-желтых, слегка выпуклых подушечек. Позднее подушечки становятся черными. При сильном развитии ржавчины листья преждевременно засыхают.

На луковицах в области донца заметен налет мицелия розового, желтого, чаще белого цвета с хорошо видимыми подушечками, состоящими из удлиненных, серповидных, бесцветных спор. Скопления мицелия и спор хорошо видны и между чешуями. Пораженные ткани подсыхают, а к концу хранения луковицы мумифицируются.

Грибное заболевание, развивается в случае хранения лука и чеснока при высокой температуре (18-25°). Черная плесень поражает верхние сочные чешуи. Больные луковицы размягчаются, между чешуями образуется черная, пылящая масса мелких шаровидных спор.

Первые симптомы заболевания становятся заметными уже в начале хранения (сентябрь-октябрь). Развивается гниль шейки в результате заражения в поле  вследствие перезаражения от рядом расположенных больных луковиц. Луковица в местах поражения размягчается, ткань становится водянистой, желто-розового цвета, с неприятным запахом.

Широко распространенное насекомое. Повреждает все виды лука. Проникшие в луковицы личинки разрушают их и вызывают загнивание.

Повреждает лук, прогрызая донце, главным образом во время хранения, но может вредить и в поле, куда он заносится с посадочным материалом. Проникая внутрь луковицы, обычно около донца, клещи питаются мясистыми чешуями, вызывая их загнивание.

Большое (до 50 мм в длину) насекомое бурого цвета, имеющее копательные лапки и короткие надкрылья.  Медведка распространена широко и повсеместно. Вредят взрослое насекомое и личинка. Прокладывая у поверхности почвы ходы, они перегрызают корни и стебли растений.

Вред наносят личинки моли – гусеницы, которые вылупляются из отложенных бабочками яиц. Гусеницы проникают внутрь трубчатых листьев лука и там питаются. Поврежденные листья желтеют и засыхают, начиная с верхушечной части.

Жуки в трубчатых листьях выедают небольшие полости, вследствие чего на них образуются округлые белые пятна. Личинки выедают мякоть внутри листа, продольными полосками, не трогая наружную кожицу. У поврежденных растений листья желтеют с верхушки и засыхают.

Гусеницы подгрызают всходы и молодые растения у самой поверхности почвы, питаются листьями.

Отрождение гусениц происходит рано весной, обычно в конце мая, после чего гусеницы проникают внутрь растений или выедают крупные полости на луке.

При повреждении лука на листьях появляются серебристо-белые пятна. В местах питания трипсов невооруженным глазом видны экскременты фитофага в виде черных точек. Поврежденные листья желтеют, отмирают, начиная с верхушечной части растения.